В 1973 году после окончания Иркутского государственного медицинского института Виктор Степанович был распределен в Ангарский НИИ гигиены труда и профзаболеваний Минздрава РСФСР, с которым была связана вся его жизнь, здесь он прошёл все ступени карьерного роста, и в 1992 году возглавил Институт и был его директором четверть века. С 2017 года В.С. Рукавишников являлся научным руководителем ФГБНУ «Восточно-Сибирский институт медико-экологических исследований».

Под руководством В.С. Рукавишникова успешно выполнялся цикл научных работ «Экология г. Братска»; «Эффективность медико-социальных мероприятий по ликвидации последствий пожара на ОАО «Иркутсккабель»; «Предотвращение опасности ртутного загрязнения территории Иркутской области», которые послужили основой для разработки мероприятий по сохранению и улучшению здоровья населения Иркутской области. Широкая эрудиция и творческий потенциал В.С. Рукавишникова обеспечивали успешное выполнение фундаментальных междисциплинарных проектов Российской академии наук «Оценка, моделирование и прогноз состояния здоровья и связанного с ним качества жизни населения Азиатского Севера на территориях освоения углеводородного сырья», «Фундаментальные исследования и прорывные технологии, как основа опережающего развития Байкальского региона», «Фундаментальные основы, методы и технологии цифрового мониторинга и прогнозирования экологической обстановки Байкальской природной территории» для решения экологических проблем этих территорий.

Неоценимый вклад Виктор Степанович внёс в обоснование новых форм профессиональных заболеваний при хроническом воздействии цианистых соединений у работающих золотоизвлекательных фабрик, в разработку классификации ранее неизученных нарушений зрения при хронической ртутной интоксикации.

В.С. Рукавишниковым разработаны основы теории «сенсорного конфликта» и концепции «гироскопического эффекта» как основных звеньев формирования заболеваний от воздействия физических факторов производственной среды.

Благодаря ему в России впервые была разработана и утверждена классификация и критерии идентификации экологически обусловленных нарушений здоровья, на основе которой продолжаются исследования экологически обусловленных заболеваний.

С именем Виктора Степановича связаны исследования по изучению острых и отдаленных последствий воздействия комплекса токсических веществ на пожарных, разработка концептуальной схемы формирования токсических энцефалопатий, обоснование и внедрение новых методологических основ безопасности нанокомпозитов при поступлении их в организм человека.

По инициативе и при участии В.С. Рукавишникова проводились совместные исследования с научными учреждениями США, Белоруссии, Армении и Монголии. Труды В.С. Рукавишникова по основным вопросам медицины труда переведены на монгольский язык.

Виктор Степанович обладал высоким творческим потенциалом, уделял много внимания подготовке научных кадров. Под его руководством подготовлено 13 кандидатов и 9 докторов наук. В.С. Рукавишников - автор более 20 изобретений, 400 научных работ, 14 монографий.

Работы В.С. Рукавишникова были признаны актуальными, о чем свидетельствует его участие и соавторство в двух Национальных руководствах: «Профессиональные заболевания органов дыхания» - национальное руководство (2015г.) «Профессиональная патология» - национальное руководство (2014г., 2024г.) и монографии «Офтальмомеркуриализм» (2016г.).

В.С. Рукавишников являлся членом Президиума Иркутского филиала Сибирского отделения Российской академии наук, Научного Совета Сибирского отделения Российской академии наук по проблемам озера Байкал, заместителем Президента Всероссийской ассоциации врачей и специалистов медицины труда, членом профильной комиссии по профпатологии Министерства здравоохранения РФ, экспертом Российской академии наук и председателем Диссертационных советов по специальностям гигиена и медицина труда.

Виктор Степанович на протяжении многих лет входил в состав редакционной коллегии журналов «Медицина труда и промышленная экология», «Сибирский научный медицинский журнал», «Медицина в Кузбассе».

Деятельность В.С. Рукавишникова по организации совместных исследований учреждения и институтов Сибирского отделения Российской академии наук была отмечена памятной юбилейной медалью Сибирского отделения Российской академии наук «Валентин Афанасьевич Коптюг – великий ученый и патриот». Зарубежный цикл работ В.С. Рукавишникова отмечен золотым знаком Монголии «Badge of Best employee of social Sеcurity and Labour Sector».

В.С. Рукавишников стал первым в России лауреатом в номинации «За личный вклад в развитие медицины труда в России» им. академика Н.Ф. Измерова. На протяжении многих лет 5 раз он становился лауреатом областного конкурса в сфере науки и техники, был награжден знаком отличия «За заслуги перед Иркутской областью», Почетной грамотой Губернатора Иркутской области, памятной медалью «За заслуги перед городом Ангарском», в 2024г. решением городской думы В.С. Рукавишников стал почетным гражданином Ангарского городского округа. Виктор Степанович являлся Почетным профессором НИИ медицины труда им. академика Н.Ф. Измерова», Всероссийского НИИ железнодорожной гигиены Роспотребнадзора, Иркутского научного центра хирургии и травматологии.

Трудовые заслуги Рукавишникова В.С. отмечены наградами: медалями ордена «За заслуги перед Отечеством» I и II степени, орденом Дружбы, медалями «За трудовую доблесть», «350 лет добровольного вхождения Бурятии в состав Российского государства», знаком «Отличник здравоохранения», серебряным почетным знаком Республики Бурятия, знаком–медалью Международного Благотворительного Фонда «Меценаты столетия» - «Честь и польза», знаками общественного поощрения: «75 лет Иркутской области»,  «80 лет Иркутской области», орденом Российской академии естествознания «Labore et Scientia – трудом и знанием». В.С Рукавишников имел почетные звания «Заслуженный ветеран Сибирского отделения Российской академии наук», «Заслуженный деятель науки Сибирского отделения Российской академии наук» с присуждением нагрудного знака «Золотая сигма», «Почетный работник науки и высоких технологий Российской Федерации».

Все, кто работал с Виктором Степановичем, запомнят его как талантливого организатора, руководителя, наставника, ученого с широкой эрудицией, требовательного и неравнодушного человека, который сделал многое для развития Института. Он никогда не стоял на месте: шёл вперед, подтверждал, опровергал, предлагал свое видение проблемы, удивлял неистощимой энергией, неутомимостью и оптимизмом. Это тот случай, когда Бог наградил человека и талантом, и силой характера, и лидерскими чертами.

 Светлая память о Викторе Степановиче Рукавишникове навсегда останется в памяти его коллег, учеников.